El Consejo Superior Universitario, a través del Acuerdo 181 de 2015,  estableció la estructura interna académico administrativo de la Sede de Presencia Nacional Orinoquia, la cual está integrada por 1) El Comité Académico Administrativo, 2) La Dirección de Sede y sus dependencias y 3) El Instituto de Estudios de la Orinoquia.

Ver Acuerdo 181 de 2015

Es la máxima autoridad de dirección académica y administrativa de la Sede de Presencia Nacional de Orinoquía, y estará integrado por: 1. El Rector quien lo preside, o su delegado; 2. El Director de Sede quien presidirá en ausencia del Rector o su delegado; 3. Un decano delegado del Consejo Académico; 4. El Director de la Unidad de Docencia y Formación; 5. El Director del Instituto de Estudios de la Orinoquia.

La Dirección de Sede de Presencia Nacional es la responsable de la buena marcha de la Sede, bajo la dirección y orientación del Rector de la Universidad Nacional de Colombia.  Cumple las funciones previstas en el Acuerdo 011 de 2005 del Consejo Superior Universitario - Estatuto General y las definidas en el Artículo 10 del Acuerdo 113 de 2013 del Consejo Superior Universitario.

Además de las funciones establecidas en el Estatuto General, la Secretaría de Sede cumple con las siguientes funciones: 1. Apoyar el proceso de admisión; 2. Coordinar el proceso de registro y matrícula; 3. Administrar el Sistema de Información Académica; 4. Administrar el Sistema de quejas, reclamos y sugerencias de la Sede en coordinación con la Vicerrectoría General.

Es la dependencia encargada de: 1. Gestión del personal académico adscrito; 2. Administración de los programas de pregrado y postgrado y de los cursos del PEAMA y otros cursos que se dicten en la Sede; 3. Coordinación, implementación y evaluación de las áreas de Bienestar Universitario, conforme a las normas de la Universidad.

Es la dependencia encargada de: 1. La función de planeación relacionada con las estadísticas, el presupuesto, los espacios físicos, los sistemas de calidad, la gestión ambiental y la salud y seguridad en el trabajo; 2. La gestión financiera y administrativa de los procesos de personal académico y administrativo, contratación, tesorería, contabilidad, gestión de bienes y servicios generales.